La dedicación al estudio de la alquimia y a la teología ya no pueden tenerse hoy día como algo menor, o la otra cara de la vida de Newton. El estudio de sus manuscritos nos revela que el verdadero Newton es el alquimista y teólogo ya que de estas disciplinas nacieron los métodos y motivaciones que luego utilizó para producir los Principia. Newton dedicó grandes esfuerzos a la alquimia, como medio para entender y explorar el mundo natural y descubrir los entresijos del proyecto cósmico divino dejado por Dios y como llave para unir ciencia y religión.